Niemieccy okupanci planowali otworzyć w tym budynku kino. Kościół został więc po 1939 roku zasypany gruzem, a jego kubatura uległa zmniejszeniu. Wiadomo, że gruz pochodził ze zbombardowanych kamienic, bowiem wśród kamieni i cegieł znajdowane są przedmioty codziennego użytku, jak fragmenty porcelany czy lampa.

Wykopaliska to największe tego typu badania w tym zabytkowym obiekcie. Wcześniej muzealnicy wykonali badania sondażowe, które pokazały, że poziom posadzki był kilkakrotnie podwyższany zarówno przez siostry zakonne, jak i ewangelików, którzy użytkowali świątynię przez ostatnie 200 lat.

Aby dotrzeć do pierwotnej, XVII-wiecznej podłogi należy kopać na głębokości prawie 3 metrów. Poniżej natomiast powinny znajdować się krypty. Badania są prowadzone dzięki dofinansowaniu, jakie pozyskała Gmina Wieluń z Rządowego Funduszu Polski Ład.

Prowadzi je firma ŁFBN Ewelina Golańska z Łodzi. Prace potrwają jeszcze wiele miesięcy, ich efekty będą znane w przyszłym roku.