Krypta ma kształt kolebki. Zbudowana z kamienia wapiennego konstrukcja zachowała się w nienaruszonym stanie. Gorzej prezentują się pochówki. Wnętrze krypty zawiera bowiem szczątki ludzkie oraz pozostałości trumien. Prawdopodobnie miejsce pochówku zapełniło się z czasem, bowiem ostatnia z trumien zlokalizowana jest tuż przy wejściu.

Przez ostatnie dwieście lat kościół był użytkowany przez parafię ewangelicką, jednak pierwotnie na początku XVII w. kompleks powstał jako siedziba zakonu ss. Bernardynek. Jeszcze nie wiadomo czy wśród zachowanych szczątek znajduje się Anna Koniecpolska, fundatorka wieluńskiego klasztoru.

Aby tego dowieść konieczne są badania antropologiczne. Odkrycie krypty jest bez wątpienia jednym z najciekawszych znalezisk ostatnich lat. Prowadzone badania mogą odpowiedzieć na wiele nurtujących pytań, m.in. jak odżywiały się siostry zakonne i na co chorowały.

To depozyt, który pozwoli dowiedzieć się więcej na temat przeszłości Wielunia i jego mieszkańców. Prace archeologiczne na zlecenie Gminy Wieluń prowadzi firma ŁFBN Ewelina Golańska z Łodzi. Inwestycja jest finansowana z Rządowego Funduszu Polski Ład - Program Odbudowy Zabytków.