Choć źródła historyczne podawały jej istnienie, istniała obawa, że cztery wieki eksploatacji kościoła mogły przyczynić się do jej zawalenia. Wysoki poziom wód gruntowych nie ułatwiał pracy archeologom, którzy na czas badań musieli na bieżąco wypompowywać wodę.

Mimo to eksploracja zakończona została sukcesem. W jej trakcie wydobyto fragmenty trumien, szkielety pogrzebanych w nich osób, drobne dewocjonalia (medaliki, krzyżyki, koraliki różańców) oraz kilka niespodziewanych znalezisk, jak choćby okulary.

Szczątki ludzkie zostały oddane do badania antropologom. Muzealnicy zajęli się natomiast konserwacją znalezionych w krypcie trumien. Niespodzianką było m.in. odnalezienie na jednej z nich wizerunku mnicha.